Det oprindelige Marcussen & Reuter-orgel fra Åbenrå blev indviet i 1843 og havde 21 stemmer, to manualer og pedal. Immanuel Starup foretog en gennemgribende restaurering (og udvidelse til 32 stemmer) i 1912, men orglet blev nedtaget i 1969, fordi økonomien ikke tillod den nødvendige hoved-reparation.

Kirkens andet orgel, som var af ukendt fabrikat og som havde stået i en kirke i Hamborg, blev ombygget og leveret af firmaet Kemper i Lübeck i 1969; det havde 15 stemmer fordelt på to manualer og pedal. Det var et funktionsdygtigt instrument, som i sin disposition dog ikke kunne udfylde det behov for et klangfuldt og variationsrigt instrument til domkirken.

 

Kirkens tredje og nuværende instrument er et Starup-orgel fra 1935 og det tilhørte tidligere Sions kirke på Østerbro i København. Det blev ombygget i 1995 af orgelbygger Albert E. Lang og på grund af svelleværkets ændrede placering skulle orgelfacaden have en ny udformning. Da professor Vilh. Wohlert stod for udarbejdelsen af kirkens restaurering fra 1988-92 var det naturligt, at han også udformede orglets nye facade.

Dispositionen: Det har 20 stemmer fordelt på hoved- og svelleværk samt 3 frikombinationer.