Med reformationen i 1536 blev protestantismen indført i Danmark, der dermed ophørte med at være et katolsk land. I 1600-tallet forbød Christian IV sine danske undersåtter at udøve den katolske tro. Dette forbud blev stadfæstet i Christian V’s Danske Lov af 1683 og gjaldt i de følgende århundreder frem til religionsfriheden med den danske grundlovs indførelse i 1849.

Ved de katolske landes gesandtskaber i København var det imidlertid tilladt at holde katolsk gudstjeneste, og skønt gudstjenesterne formelt kun var for gesandterne og deres tjenerskab, blev de hurtigt et samlingspunkt for byens øvrige katolikker.

Den første egentlige katolske menighed i København efter reformationen blev oprettet af Spaniens gesandt, greve Bernadino de Rebolledo, som gjorde tjeneste ved det danske hof 1648-59. På hans tid begyndte præsterne at føre kirkebøger, altså fortegnelse over dåb, ægtevielser og dødsfald. Fra da af kender man også navnene på de katolske præster, som i ubrudt rækkefølge har virket i København. I grev Bernadinos bolig på Østergade blev læst messe hver søndag.

Efter den spanske gesandts afrejse vekslede kapellernes placering mellem de forskellige gesandtskabsresidenser. Det østrigske gesandtskab påtog sig dog en særlig rolle som den katolske menigheds beskytter, der varede helt frem til 1849.

I 1765 fik den katolske menighed i København et blivende opholdssted i Norgesgade, nuværende Bredgade 64, idet kejserinde Maria Theresia af Østrig selv bekostede opførelsen af et kapel. Bygmesteren var grundens ejer, hoftøm- rermester F. J. Zuber; og da den østrigske stat i 1774 erhvervede grunden, var kapellets fortsatte eksistens sikret.

Det nyopførte kapel i Bredgade var kun tænkt som en midlertidig løsning, og kejserinde Maria Theresia skal have skænket 44.000 rigsdaler til opførelsen af et “fastere og skiønnere Capel”. Hun døde dog i 1780, og hendes efterfølger på tronen, kejser Joseph II, ønskede ikke at støtte byggeriet.

I 1813 modtog menigheden en stor donation fra vinhandler Peter Bianco (1745-1813), som havde testamenteret sin formue til opførelse af et nyt kapel og en kirkeskole.

Opførelsen af den nuværende Skt. Ansgars Kirke blev påbegyndt i 1840. Arkitekten var Gustav Friedrich Hetsch (1788-1864), der var født i Stuttgart, og han gav kirken et klassicistisk præg, i en romersk basilikas skikkelse. Kirken blev indviet Allehelgensdag, 1. November 1842.

Skt. Ansgars Kirke er opført i røde sten med gule mønstermuringer; og kirkens klassicistiske præg kommer til udtryk i facadens udformning og i det store, åbne kirkerum.

I årene 1988-92 gennemgik kirken en gennemgribende restaurering, ved hvilken alting i rummet blev ført tilbage til sin oprindelige skikkelse og farve. Dette restaureringsarbejde blev udført i samarbejde med Nationalmuseet under ledelse af professor, arkitekt Vilhelm Wohlert.

Kirkens inventar
Skt. Ansgars Kirke ejer en omfattende samling af ældre malerier og skulpturer, placeret i kirken og i præsteboligen, samt deponeret i en række kirker og kapeller rundt om i landet.

Kirkens første orgel blev indviet i 1844; bygget af firmaet Marcussen & Reuter i Aabenraa.

Det nuværende Starup-orgel på 20 stemmer stammer oprindeligt fra Sionskirken på Østerbro i København og blev opstillet i 1995.

Det enskibede kirkerum er ca. 31 meter langt og ca. 13 meter bredt og højt. Kirken har 300 siddepladser. De oprindelige kirkestole er endnu i brug, og på nogle står stadig Habsburgernes våbenskjold som tegn på, at kirken stod under det østrigske kejserdømmes beskyttelse.

Kirkens store vinduer har oprindelig haft klare ruder; men på initiativ af biskop Johannes von Euch blev de nuværende, farvestrålende glasmosaikker med et galleri af helgen-portrætter opsat i årene 1885-94.